Кустанай был выведен в степях западного Казахстана в совхозах и колхозах. Ориентировочные даты развития этой породы – 1887 год и 1951 год.

Первая дата – это год учреждения породы, принадлежавшей государству. Открытие сопровождалось лошадьми этой породы в 1888 и 1890 годах. Последняя – это дата официального признания этой породы.

Новая порода была развита путем скрещивания лошадей со степей Дона с чистокровными жеребцами. Однако, в самом своем начале, селекция не удалась. Только после того, как местные племенные кобылы, порода которых уже была улучшена, и жеребята с необходимыми характеристиками появлялись регулярно, было произведено скрещивание, которое, наконец-то привело к положительному результату.

В 1920-ых годах началось развитие новой породы. Работа была продолжена в 1930-ых годах. В самом начале развития породы, заводчики сильно следили о том, как чувствуют себя лошади на пастбищах зимой, есть ли у них сено в нужном количестве, а также, чтобы жеребята отлучались от мамы и переставали питаться её молоком в 6 – 8 месяцев.

Одним из методов разведения лошадей, применявшимся позже, было содержание лошадей в табуне в течение всего года. Когда наступала плохая погода, лошадей отводили под навес, спаривались они совершенно свободно, ели сено и жеребята переставали питаться материнским молоком тогда, когда сами того хотели.

Все усилия по разведению преследовали две цели – чтобы на лошадях удобно было ездить в седле, и чтобы их можно было отпускать в степь на вольный выпас. Лошади, основное предназначение которых заключалось в том, чтобы на них было удобно ездить в седле, в основной своей массе скрещивались с чистокровными лошадьми с Дона.

Затем, концепция разведения лошадей была немного изменена. В 1930 году табун в Кустанае состоял из 1000 кобыл. В 1981 году кустанайские и кубанские заводчики могли похвастаться 726 чистокровными кобылами. Семьсот сорок шесть Кустанайских племенных жеребцов использовались для размножения и общего усовершенствования породы. В 1890 году количество кустанайских лошадей достигло 40200 голов.

Современный Кустанай – это массивная лошадь, в которой соединились лучшие характеристики чистокровных лошадей и лошадей, живущих в степи. К отличительным особенностям этой породы относится прямая голова среднего размера, широкие челюсти, длинный круп, длинная и прямая шея. Кустанай – это одна из лучших пород для континентального климата.